Проект "Яндекс.Новости" начал маркировать публикации изданий, признанных в России СМИ – "иностранными агентами". На это обратил внимание правозащитный проект "Сетевые Свободы". Рядом с названием СМИ-"иноагентов" в заголовках новостей, ссылки на которые даёт "Яндекс.Новости", появилась надпись "иностранный агент".

Пользователи интернета отмечают, что "Яндекс" начал маркировать новости, скорее всего, по собственной инициативе, поскольку по закону он этого делать не обязан. Правовой аналитик проекта "Сетевые свободы" Станислав Селезнев сообщил "Медиазоне" (признана в РФ СМИ-"иноагентом"), что обязанность упоминать, что то или иное СМИ включено в реестр "иноагентов", существует только у других СМИ. "Яндекс" СМИ не является, так что инициативно", – уточнил он. Сама компания "Яндекс" пока ситуацию не комментировала.

В августе "Медуза" (признана в РФ СМИ-"иноагентом") писала о планах властей поставить под контроль "Яндекс.Новости" из-за якобы попадающих в список самых популярных новостей проекта так называемые "фейк-ньюз". "Медуза" также описала, как за последние 3 года государство серьёзно ограничило свободу новостного агрегатора. "Яндекс", тем не менее, настаивает, что алгоритм "Яндекс.Новостей" по-прежнему работает автоматически и не подвержен цензуре.